キャプテンコマンドー
必殺技：キャプテン・コレダー
主人公。炎と電撃を放つガントレット（正式名称はパワーグローブ）を装備したリーダー。必殺技のほか、ダッシュジャンプから攻撃でキャプテンファイヤーを出せる。
ベイビーコマンドー フーバー（海外版での名称：ベビーヘッド）
必殺技：ニークラッシュ・ミサイル
自ら作ったロボットに乗って戦う天才児。パワー系だがダッシュのスピードも速い。ダッシュジャンプ攻撃はフライングエルボードロップ。
敵をつかんでパイルドライバーができる。
ニンジャコマンドー 翔（ショウ）（海外版での名称：ギンズ・ザ・ニンジャ）
必殺技：スモーク・ボム
覆面姿の忍者。武神流の継承者である。ダッシュからなどの攻撃で刀を振るい、敵を真っ二つにする（SFC版ではこの表現は無くなっている）。手裏剣を武器として使用可能（他キャラクターでは得点アイテムにしかならない）。
マミーコマンドー ジェネティー（海外版での名称：マック・ザ・ナイフ）
必殺技：スピニング・アタック
普段は墓守りをしている、ミイラの様な姿をしたナイフ使いの異星人。彼のナイフは切り裂いた相手を溶かしてしまう（翔と同様にSFC版ではこの表現は無い）。必殺技中にレバーで移動が可能。
敵から奪って使う武器
パンチロボット（緑）、ファイヤーロボット（赤）、フリーズロボット（青）
WOOKYが使う搭乗型ロボットで、プレイヤーキャラも乗り込むことが可能。WOOKYの攻撃力の低さをカバーするために作られ、操縦も簡単なマシン。
ミサイルランチャー、拳銃、ライフル
DICKが所持する銃器。DICKを倒すと武器が残り、プレイヤーキャラがそれを拾って使用できる。ミサイルランチャーは木箱やドラム缶に入っていることもある。
手裏剣
HANZOが使用する飛び道具。HANZOを倒すと手裏剣が残ることがあり、その手裏剣は拾うことができるが武器として使えるのは翔のみ。
なおこれらの武器は『ファイナルファイト』とはちがいステージを移動する際にも持ち越しができる（ただしステージクリア後は不可）。
雑魚キャラクター一覧
WOOKY（ウーキー）
黄緑色の服の戦闘員。街のチンピラをさらってきて改造したもので、組織からは消耗品扱いされている。主に警護・護衛が役目で知能が低く、敵を攻撃することしか考えられない。
EDDY（エディ）
赤紫の服を着た戦闘員で、WOOKYを元に改良された兵士。そのためWOOKYと覆面が違う。WOOKYとは違い、武道の心得のある者を改造した上に更に筋肉強化などの改造を加えている。白兵戦が主で、彼らの飛び蹴りはあまりの素早さで一般人では見切ることができない。
DICK（ディック）
青い服を着た戦闘員で、帽子を被っている。他の戦闘員とは違い、銃器のエキスパートをさらって改造した者たち。それゆえ武器を手放してしまうと戦えなくなってしまう。SFC版には登場しない。
SKIP（スキップ）、SONIE（ソニー）
ナイフを持った敵キャラ。SKIPは黄色のベストを着て、SONIEは赤いベストを着ている。上記の3人とは違い、普通の人間だが、ナイフテクニックをジェノサイドに見込まれ、金で雇われている犯罪超人予備軍。SKIPは最終ステージでナイフ投げをする。
CAROL（キャロル）、BRENDA（ブレンダ）
音叉のようなものを持った、ラバースーツを着たセクシーな女性キャラ。犯罪超人の中でもエリートクラス。女であることを利用し、敵を油断させ電撃を浴びせてくる。キャプテンコマンドーの使う「キャプテン・コレダー」とは極性が異なるため、電撃に耐性のある彼女でも感電してしまう。CAROLはピンク色の髪で、BRENDAは金髪。業務用では何故かBLENDAはStage2に一人しか登場しない。SFC版では業務用と服装が違う。編隊を組んで攻撃してくる事もあるが、その場合に倒すとアイテムを落とす。
SAMSON（サムソン）、ORGANO（オルガノ）
原始人のような外見の敵キャラ。SAMSONのズボンの色は黒で、ORGANOのズボンの色は赤。彼らも普通の人間だが、幼い頃から虐待されたために暴力に走ってしまった。知能が低く、無差別に戦う相手を求めていたところ、ジェノサイドに拾われる。間合いの広いパイルドライバーを持っているが、動きが鈍い上に相手に突っ込むことしか知らないため、防御があまいのが欠点。
MARBIN（マービン）
ちょこまか走り回る小柄なデブキャラ。中距離からのタックルと口からの火炎放射が曲者。犯罪超人候補の普通の人間で、立派な犯罪超人になることを目指している。しかし、心が先走ってしまい、走るときには足が空回ってしまったり、放った炎で味方や自分を焼いてしまうマヌケな一面もある。
KOJIRO（コジロウ）
覆面をした赤服の忍者。パンチを主体とした連続攻撃を主に使う。他の敵とは違い、犯罪超人ではなく純粋なジャパニーズニンジャ。頭目であるヤマトがジェノサイド配下の犯罪超人となったため、現在はジェノサイドの支配下に置かれている。しかし、ヤマトのために戦っているだけで、ジェノサイドに忠誠を誓っているわけではない。SASUKE、HANZOにも言える事だが翔のモデル換えであるため、移動速度や使う技は翔とまったく同じ。
SASUKE（サスケ）
覆面をしていない緑服の忍者。刀で攻撃してくる。「忍者とは剣術を極め、敵を倒すもの」と他の忍者の前で豪語してしまい、刀以外では戦うことが出来なくなってしまったニンジャ。しかし、その言葉通り、剣術では翔に匹敵する腕前である。
HANZO（ハンゾウ）
緑の肌をした青服の忍者。手裏剣や爆弾で攻撃してくる。意外と曲者。子供の頃から武器を使うことを叩き込まれ、特に手裏剣と爆弾を使った攻撃では忍者界でも屈指の使い手。
MUSASHI（ムサシ）
大柄な鎧武者。プレイヤーの攻撃を防御することができる。体力が少なくなると刀が折れる。背中に刺さった矢から太陽エネルギーを取り込み生きている。鎧を身に付けているため防御力は高いが、鎧が重いために素早く動けない。
MARDIA（マーディア）
外見こそ大柄で筋肉質な女のようだが、その筋力は常人の10倍の力がある。普段は長い髪に隠れている素顔を見せないが、戦闘時には鬼のような素顔を見せる。つかみ技と体内に生成している溶解液（ジェネティのナイフから検出された溶液を元に開発された）が武器。動きは遅い。SFC版では溶解液を吐くかわりに爆弾を投げる。
Z（ズィー）
エイリアンのような姿をした長身の敵。人間からは程遠い姿をしているので、犯罪超人の中でも異質な存在。長く鋭い爪は鋼鉄をも切り裂く超物質で出来ている。大きく後ろに伸びた頭には既存の物を超えたコンピュータが内蔵されており、敵を正確に捉えて攻撃を行うことが出来るらしい。タフで攻撃力も高いので難敵。CAROLと同じく編隊を組んで攻撃してくる事もあるが、その場合に倒すとアイテムを落とす。
ボスキャラクター一覧
Stage1：ドルグ "DOLG"
元アメフト選手の大男。プレイヤーの攻撃を防御することができる。タックルや投げで攻撃してくる。
ジャンプも使えるので、巨漢にしてはかなり身軽な敵。最終ステージにも中ボスとして登場する。
Stage2：シュトゥルムJr "SHTROM.Jr"
緑のたてがみとオレンジ色の肌をした獣人（爬虫類のような姿）。巨体にもかかわらず、身軽で俊敏。ボウガンとドロップキックが武器。
同社のお約束ともいえる「ステージ2のボスは強敵」で、初心者の難関でもある。
Stage3：ヤマト "YAMATO"
翔のライバルだった忍者の頭領。薙刀を持った歌舞伎役者のような姿をしている。
翔と戦うだけの理由で組織に属しており、ジェノサイドに忠誠を誓っていない。
その執念は同社ストリートファイターシリーズのサガットを思わせる。
Stage4：モンスター "MONSTER"
Dr.T.Wの作り出した緑色の筋肉質のモンスター。登場時の演出を見る限り（SFC版ではROM容量の都合上により人間からモンスターに変身するシーンはカットされた）、元は人間のようである。
反応速度が早く、通常での攻撃はほぼ反撃されてしまう。攻撃力もかなり高い。
Stage5：ドクターT.W "Dr.T.W"
ボートに乗って爆弾を投げながら逃亡する。ボーナスステージの延長なので、強敵ではない。イニシャルのT.W. とは、"Tea Water" の略であるらしい。そのまま日本語訳すると「茶・水・博士」となるが、何を意味するのかは不明（おそらく「お茶の水博士」と思われる）。
Stage6：シュトゥルム&ドラック "SHTROM"&"DRUK"
ステージ2のボスがコンビになった敵。SHTROMは金のたてがみとピンクの肌で、DRUKはピンクのたてがみと青紫（SFCでは黄色）の肌をしている。
業務用では2体同時に登場する。SHTROM.Jrが使う攻撃の他に、新たに片方が掴んでもう片方がボウガンで殴ると言った攻撃も行う。両方を倒す必要は無く、どちらかを倒せばクリアとなる。
SFC版ではROM容量の都合上により1体ずつ登場する。先にSHTROMが登場し、倒されるとDRUKが登場する。
Stage7：ブラッド "BLOOD"
黒人の両腕を移植した筋肉質な白人の軍人。キックを主体とした攻撃を得意とする。
高速移動の能力を持っており、残像を残しながらの高速キックは脅威。なお、ダウン回避能力も持っている。
Stage8：ドッペル "DOPPEL"
本体は太目の大男だが、この時点では当たり判定が無い。プレイヤーの姿に化けて攻撃してくる。複数プレイだと、プレイヤーの数だけ分裂して変身する。
ある程度ダメージを与えると1人プレイの場合、2人になって攻撃してくる。選んだ主人公によっては強敵にも雑魚にもなりうる。
なお、NAMCO x CAPCOMにはドッペルが敵味方問わず様々なキャラに変身した『ドッペルキャラ』という敵キャラが存在する。
Stage9：ジェノサイド "GENOCIDE"
最終ボス。空中を浮遊しており、ジャンプ攻撃でなければまともにダメージを与えられない。炎と冷気で攻撃してくる。普通に戦うのは不可能と言われているほどの強敵。
ブラッドと同じく、ダウン回避能力がある。
キャン ふかがわ プルート てっさく はだいろ バーモ ナローボ シーケン ぱぱいあ リナリア デッド トッカータ あまぎ セレクション チャート マグマ クサノオ レンチ ブッキ カネノナル フェース プロップ くけい テク ぶうぶう ゴロ シーソー おはじき ナップ タイダイ ワンセ タイピン マスコット ロード ワイマ ニチニ コカトリ ダナキ フリーラ ホンコン ミング ノーマ タミフ リトル バッテ スクエア カアト イソ次世 ミー スター
移植版
このゲームはスーパーファミコンとプレイステーションにそれぞれ移植されている。
スーパーファミコン版
1995年3月17日、カプコンから発売。ハードの制約のため、乗り物であるロボットが登場しない他、敵キャラやアイテムの同時出現数がかなり制限されており、アーケード版とはプレイ感覚が異なる内容となっている。また、ザコ敵のキャロルなど女性キャラの肌の露出が控えめになっている。
プレイステーション版
1998年9月17日、ニューから発売。アーケード版にほぼ忠実に移植されている。初期設定では3人同時プレイまでだが、裏技を使用する事により、4人同時プレイが可能になる。