銀杏はギンコール酸などを含み、漆などのようにかぶれなどの皮膚炎を引き起こす。また、食用とする種の中身にはビタミンB6の類縁体4-O-メチルピリドキシン(4-O-methylpyridoxine、MPN)が含まれているが、これはビタミンB6に拮抗してビタミンB6欠乏となりGABAの生合成を阻害し、まれに痙攣などを引き起こす。大人の場合かなりの数を摂取しなければ問題はないが、1日5～6粒程度でも中毒になることがある。特に報告数の70%程度が5歳未満の小児である。太平洋戦争前後に中毒報告が多く、大量に摂取したために死に至った例もある、これは食糧難から来るビタミンB6欠乏状態と関係性があると思われる。
その一方で喘息等の症状に対する鎮咳去痰作用など薬草としての効力もあり、後述の難破船に遺された銀杏も薬の原料として送られたものであると言われている。
ドイツでは、フラボノイド22～27%、テルペノイド5～7%（ビロバライド2.6～3.2%、ギンコライドA,B,C2.8～3.4%）、ギンコール酸5ppm以下の規格を満たすイチョウ葉エキスが医薬品として認証されており、日本においても（財）日本健康・栄養食品協会が同様の基準を設けている。しかし、同協会の認証を受けていない商品についてはそういった基準はない。なお、イチョウ葉は日本からドイツやフランスへ輸出されている 。
脚本
潮干狩り
博物館
ビオトープ
フィギュア
マラソン
通訳
天文学
水球
伝統芸能
更年期障害
システム工学
水上スキー
社交ダンス
運送
映画史
ボウリング
救急医学
盆栽
近代オリンピック
日本では、イチョウは医薬品として認可されておらず、食品であるため効能を謳うことは出来ない。しかし、消費者に対し過大な期待を抱かせたり、薬事法で問題となるような広告も散見されるのが実態である。
生の葉は摂取しない方が良い。また、雑誌などでイチョウ葉茶の作り方が掲載されることがあるが、これに対して国立健康・栄養研究所は「イチョウ葉を集めてきて、自分でお茶を作るという内容であり、調製したお茶にはかなり多量のギンコール酸が含まれると予想され、そのようなことは勧められません。」としている。